2005年3月23日，科技部正式发文（国科发基字[2005]79号）批准河海大学、南京水利科学研究院报送的“水文水资源与水利工程科学国家重点实验室建设计划任务书”。经科技部审查，该建设计划目标明确、内容具体、操作性强。科技部要求重点实验室根据上报的建设计划任务书的内容，落实有关政策和建设经费，组织有关单位开展建设工作。

在建设期间，实验室将进一步凝炼科学发展目标，提升科研水平，特别是在队伍组织、实验研究平台建设和运行管理等方面取得明显的进展，努力成为国家高水平科学研究、聚集和培养优秀科学家、开展学术交流的重要基地。建设计划完成后，科技部将组织专家进行验收。